Важный фактор жизнедеятельности города - здоровье его обитателей. Медицинскую помощь жителям предоставляют сегодня 2 больницы: ЦРЛ, в состав которой входят стационарное отделение на 600 кроватей, поликлиники - взрослая, детская, стоматологическая, женская консультация, наркологический диспансер, противотуберкулезный диспансер; виддилкова больница ст. Конотоп, в состав которой входят стационарное отделение на 270 кроватей, поликлиники, - взрослая, детская, стоматологическая; станция скорой и безотлагательной медицинской помощи. Санитарно эпидемическое благополучие города обеспечивают районная санитарно эпидемиологическая станция и линейная Конотопа санитарно эпидемиологическая станция Юго-западной железной дороги.
Медицинские заведения города в своей работе внедряют современные технологии в диагностике и лечении больных. Да, в ЦРЛ работает современная флюорографична установка с цифровой обработкой данных обследования. Проводится лечение больных с хронической патологией такими методиками, как плазмофорез, гемосорбция, лазеротерапия, гипербарическая оксигенация, герудотерапия.
В больницах города обеспечивается приоритетность в предоставлении медицинской помощи ветеранам войны и труда, участникам ликвидации аварии, на ЧАЭС. Для обеспечения ветеранов войны стационарной помощью в ЦРЛ выделено 70 кроватей, в виддилковий больнице ст. Конотоп 14 кроватей для данной категории больных. Здоровье, это единственная вещь, которую нельзя купить ни за какие средства. Досадно, что болезни не обходят детей. А их в нашем городе проживает около 20 тысяч. В детском отделении центральной районной больницы Конотопа есть палаты, где находятся дети, оставленные родителями, которые нуждаются в большем беспокойстве. Летом на территории отделения проводится санаторное лечение детей школьного возраста. В детском отделении созданы все условия для того, чтобы деть не чувствовали разницу между домом и больницей.
Кроме того, в Конотопе работает 16 аптек и 15 аптечных киосков. Лекарства за льготными рецептами отпускают 2 аптеки ЗАО «Ганза», ДКП аптека № 226, аптечные киоски ООО «Юнона». В ветеранских аптеках ЗАО «Ганза» действует
20% скидка на отечественных и 5% на иностранные лекарства ветеранам войны и пенсионерам.
Также в городе работают 1 частное медицинское заведение «Медитон», 14 частных сто матологичних кабинетов.
Ведомственные медицинские заведения функционируют и на предприятиях города (2 медсанчасти, 1 поликлиника, 1 медпункт), которые оказывают значительную помощь в медицинском обслуживании работающего населения.
Работу из социальной защиты населения целеустремленно ведет в Конотопе Управления труда и социальной защиты населения.
В структуре управления работают 4 отделы, 4 подразделы, которые ведут работу больше чем в 50 направлениях, основными заданиями которых является забезпе чення своевременного назначения, выплаты государственных допомог, возмещения субсидий и льгот, предусмотренных законодательством, здиснення контролю за соблюдением законодательства о труде.
На сегодняшний день в городе проживают 20 276 лиц, которые имеют право на льготы, из них 16 178 льготников, которым государство возмещает полностью или частично компенсирует расходы на оплату жилье во-комунальних услуг.
Проблемами одиноких граждан заботится то риториальний центр из социального обслуживания пенсионеров и одиноких неработоспособных граждан.
На учете в центре находится 1520 лиц, из них 450 - обслуживаются социальными работниками.
Проводится работа из оздоровлению ветеранов войны, обеспечению инвалидов средствами передвижения и реабилитации, выплаты инвалидам войны компенсации, на ремонт, бензин и техническое обслуживание автомобилей и другое.
Также реализуется программа относительно беспрепятственного доступа лиц с ограниченными возможностями к объектам социальной сферы. С этой целью построено 37 пандусов.
Детский дом-интернат Конотопа для детей с разными изъянами, известный за пределами Украины, тесно пение работает с подобным заведением в Баварии (Германия).
Активно работают общественные организации ветеранов войны и труда, инвалидов и других.
