Удачное географическое расположение города обусловило развитие в регионе транспортной сети.
Транспортный комплекс является важной составляющей в структуре экономики города, которая включает у себя комплекс грузовых и пассажирских перевозок. Город - важен железнодорожный узел. Именно железнодорожным транспортом сегодня выполняется 92,4% всех грузовых перевозок города. В 2005 году дирекцией Конотопа Юго-западной железной дороги было отправлено 1137,1 тыс. тонн грузов. Грузовые перевозки осуществляют дирекция Конотопа Юго-западной залез никчемные, автотранспортные предприятия ОАО «Конотопавтотранс-15961», ДП «Транссервис», ООО «Ремавтокомплекс-сервіс» и частные предприниматели.
Создание в городе конкурентной среды на рынке услуг по перевозке пассажиров автомобильным транс портом и содействие его развитию осуществляется на конкурсных принципах. В результате значительно расширилась городская автотранспортная сеть, которая на сегодня насчитывает 16 маршрутов. Маршруты обслуживают 7 перевозчиков, в том числе КП трамвайное «управление Конотопа» и 6 частных перевозчиков.
На маршрутах транспорта общего пользования работают 65 единиц автомобильного транспорта.
В 2005 году услугами автомобильного транспорта воспользовались 6,0 млн. пассажиров, что на 30,2% больше, чем в 2004 году.
Кроме автобусов, услуги по перевозкам пассажиров и их багажу осуществляют 7 служб такси.
Город Конотоп - одно из немногих в Украине, где существует собственный электротранспорт, а именно - трамвай, который является экологически чистым и удобным видом общественного транспорта. В 2004 году трамвай Конотопа от значил 55-летний юбилей.
